Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes, der in einem kleinen Talkessel angelegt ist, erfolgte im Jahr 1406 als „Samfolua“ (ungarisch). Der deutsche Name Hannersdorf dürfte sich von „Heinrichsdorf“ ableiten. Auf dem sogenannten „Kirchenriegel“ erhebt sich das Wahrzeichen von Hannersdorf, die von einer Wehrmauer umgebene katholische Pfarrkirche.

Hannersdorf war Sitz des Amtmannes für die Ortsteile Burg, Welgersdorf und Woppendorf, wobei jedoch jede dieser Gemeinden einen eigenen Bürgermeister hatte.

1971 erfolgte die Zusammenlegung der Gemeinden zur Großgemeinde Hannersdorf, wobei Welgersdorf allerdings an Großpetersdorf angeschlossen wurde.

Nachdem Hannersdorf seit Menschengedenken von Hochwasserkatastrophen heimgesucht wurde, unternahm man große Anstrengungen, um solche Überschwemmungen zu verhindern.

Von der Tauchenbrücke bis zur Wehranlage der Perlmühle wurden in mehreren Etappen Regulierungen durchgeführt. Nach einem 1983 erstellten Projekt wurden in der Folge Rückhaltebecken oberhalb der Ortschaft angelegt. Seither ist die Bevölkerung von solchen Katastrophen verschont geblieben. Anfang der 90er-Jahre erfolgte auch die vollständige Kanalisation des Ortes.

2006 feierte Hannersdorf "600 Jahre Hannersdorf". Aus diesem Anlass erschien auch ein Festschrift, die nach wie vor im Gemeindeamt Hannersdorf erhältlich ist.